La caractéristique fondamentale de cette mécanique est son couple moteur, qui culmine à 760 Nm, valeur la plus élevée de tout le segment des sportives. 

Dès 2000 tours/mn, ce couple est déjà supérieur à celui des plus célèbres super-car actuelles. Associé à la légèreté et à la rigidité record de la voiture, l'impression qui en résulte est celle d'une réserve de puissance inépuisable et d'une manoeuvrabilité inconnue à ce jour, quasiment "sans inertie".

Ce moteur est servi par une boîte de vitesse à six rapports Pagani, associée à une transmission pilotée par un système électronique de contrôle de traction (débrayable).

La cellule centrale du châssis est en carbone composite, matériau issu de l'aéronautique et identique à celui employé pour les coques des Formule 1. La conception de ce châssis et les techniques mises en oeuvre sont protégées par plusieurs brevets ; il assure la plus grande légèreté possible, combinée à une rigidité torsionnelle maximale : 26.300 Nm/°, la valeur la plus haute de tous les véhicules actuellement sur le marché.

Cette cellule ultra-rigide qui protège les occupants de l'habitacle, incorpore également des matériaux isolants thermiquement et acoustiquement afin de garantir le confort de conduite.

Deux structures tubulaires en acier à haute résistance au chrome-molybdène supportent, à l'avant les suspensions et la système de direction, et à l'arrière les suspensions et accessoires. Cette structure, choisie de préférence à celle du moteur porteur, offre notamment l'avantage de réduire les vibrations, et de contribuer à l'absorption de l'énergie en cas de choc.

Les suspensions avant et arrières sont à double triangles en alliage d'aluminium coulé, de type à basculeur, avec ressorts hélicoïdaux et amortisseurs télescopiques concentriques. Leur dessin incorpore une géométrie anti-plongée et anti-cabrage pour une assiette de conduite des plus stables.

Le freinage est confié à un système Brembo hydraulique à 4 pistons et disques ventilés sur les quatre roues, avec servo-frein et système anti-blocage (débrayable) ; diamètre des disques 355 mm à l'avant et 335 à l'arrière. La direction est assistée.

Les roues sont en alliage léger OZ de 19 pouces APP en aluminium forgé, équipées de pneumatiques Michelin Pilot Sport 255/40ZR18 et 345/35ZR18.

La carrosserie est fabriquée en matériaux composites spécialement développés par Modena-Design ; elle ne pèse au total que 60 kilos. Sa forme, finalisée en soufflerie, procure un appui aérodynamique de plus de 200 kg dès 200 km/h ce qui renforce la stabilité et la sécurité à haute vitesse. Les ailerons arrière comportent une lame ajustable pour parfaire l'équilibre aérodynamique en fonction des préférences du conducteur.

Le poids total n'est que de 1250 kg (1230 pour la Zonda F ClubSport) ; la Zonda est ainsi de loin la plus légère de toutes les sportives de puissance comparable, y compris les plus récentes super-cars actuelles. De fait le rapport poids puissance, qui détermine les accélérations, il est de 2,1 kg/cheval pour la Zonda en version "haute performance".

La voiture est livrée avec des bagages sur-mesure en cuir et fibre de carbone, fabriqués par le prestigieux sellier Cuoio Schedoni.

Elle dispose d'un système de navigation GPS (Global Positionning System) avec écran TV escamotable. L'équipement de série comprend de plus climatisation électronique, direction assistée, verrouillage centralisé, alarme, glaces électriques, sièges et colonne de direction entièrement réglables, radio laser.

Les Pagani peuvent être adaptées en dimensionnement et position des commandes (pédalier, direction, siège) à l'ergonomie et à la taille du conducteur ; tout autre aménagement ou modification peut être étudiée et réalisée grâce au plan de fabrication personnalisé des voitures.

Par ailleurs, sont disponibles à l'usine les options suivantes : relèvement automatique de la garde au sol avant par commande électrique, feux Xénon (non encore homologués dans tous les pays), évolution moteur délivrant environ 600 chevaux, avec notamment un système d'échappement plus élaboré.

Performances (Zonda C12S 7.3 / Zonda F ClubSport):

Rigidité torsionnelle du châssis : 26.300 Nm par degré (meilleure performance sur une voiture commercialisée et homologuée).

Puissance 560 chevaux / 650 chevaux.

Couple moteur : 760 mN, dont 90% disponible dès 2000 t/mn (meilleure performance sur une voiture de sport homologuée).

Poids : 1250 kg / 1230 kg.

Zéro à 100 km/heure : 3,65 secondes / 3,6 secondes (meilleure performance sur une voiture commercialisée et homologuée).

Zéro à 200 km/heure : 9,9 secondes / 9, 7 secondes (meilleure performance sur une voiture commercialisée et homologuée).

Vitesse maximale : plus de 350 km/h.

Ce véritable pur-sang offre des prestations du plus haut niveau, alliant des performances, un raffinement et un confort exceptionnels, à une ligne superbe, à la fois radicalement sportive et fluide, étroitement dérivée des légendaires "Groupe C" de compétition.

Le conducteur bénéficie d'une excellente visibilité sous tous les angles, d'un agrément et d'une manoeuvrabilité parfaite grâce à la légèreté de la coque, à une direction assistée, à l'air conditionné et au GPS équipant la voiture.

La qualité de construction du châssis en composite carbone, et des équipements intérieurs et extérieurs font de la Pagani Zonda une automobile absolument exclusive, d'une grande fiabilité, pour une utilisation fréquente par les amateurs inconditionnels de mécanique d'exception.

Technologie d'avant-garde, performances, luxe et durabilité sont les qualités caractéristiques des Pagani, construites à Modène avec un soin méticuleux autour d'une mécanique Mercédès-AMG, légendaire pour ses caractéristiques de pointe et sa qualité de fabrication.